短腿折耳猫携带有折耳基因，所以会存在软骨病的问题。软骨病是折耳猫的遗传疾病，是一种无法根治的，会给猫咪带来很大痛苦的疾病。而短腿猫由于短腿结构问题，容易有脊椎病。并且，短腿和折耳猫的串患心肌和呼吸系统疾病的几率也更大。
折耳猫的遗传病常见的是软骨骨质化发育异常，无论是折耳配折耳或者是折耳配立耳。已经发病的猫明显的症状为：尾巴短粗、僵硬及不能屈伸;后肢过短，有不寻常的弯曲、增生或肿块;四肢关节肿胀脚趾也因关节肿大而畸形;呼吸管道狭窄引起的吸不畅顺。
